1. 在合同中定义专利范围和权益

在合同中，需要明确规定专利权的范围和权益，防止未来出现任何专利相关的纠纷。要详细说明专利所保护的技术领域、涉及的技术和解决的问题等方面，明确权利的保护范围。

2. 附加专利许可证明

在合同中，还需附加专利许可证明，提供专利的证明文件和相关的申请文件，这样可以避免未来的专利纠纷，让双方清楚知晓双方所拥有的专利权。

3. 约定专利权转让方式和期限

在合同中，需约定专利权的转让方式和转让期限。比如，在特定的时间内，专利权的转让是否需要经过许可方的书面同意，或者在合同期满后，专利权是否会自动转移给另一方。

4. 约定专利权转让的费用和方式

在合同中，约定专利权转让的费用和方式，对双方都有利。通常，费用的计算方式可以按照专利转让的权益和价值来计算，同时还需要规定专利的转让方式，包括一次性付款或分期付款等。

5. 对违约的责任制定约定

虽然在合同中已经附加了相关的许可证明和约定，但是依然可能存在因专利权纠纷引起的违约情况。因此，在合同中还需要制定关于违约责任相关的约定，对双方违约的情况、应承担的责任、赔偿金的计算方式进行详细的规定。

6. 总结

在合同中，保护专利权需要从多个方面考虑，如专利范围和权益的定义、附加许可证明、约定专利权转让方式和费用、以及关于违约责任的约定等等，这样才能更有效地维护专利权益。